مقدمه : حاکمیت بالینی چارچوبی است که سازمانهای ارائه دهنده خدمات سلامت را موظف به رعایت اصول تعالی خدمات بالینی نموده و از این طریق آنها را در مقابل حفظ و ارتقای کیفیت خدماتی که ارائه می دهند پاسخگو می گرداند. هدف پژوهش حاضر، شناسایی چالش های استقرار حاکمیت بالینی در بیمارستان های آموزشی دانشگاه علوم پزشکی یزد بوده است. روش: پژوهش حاضر، پژوهشی توصیفی، کاربردی است که در سال 1391 در بیمارستان های آموزشی دانشگاه علوم پزشکی یزد انجام شده است. جامعه پژوهش شامل مدیران و کارشناسان حوزه معاونت درمان و بیمارستان های آموزشی دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد بود. تعداد 12 نفر از این کارشناسان با استفاده از روش نمونه گیری هدفمند و گلوله برفی انتخاب و وارد مطالعه شدند. داده ها از طریق مصاحبه باز با این کارشناسان، جمع آوری و به روش تحلیل محتوا مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. سپس چالش های استخراج شده در چک لیستی وارد شده و توسط افراد مورد مصاحبه، جهت اولویت بندی در طیف 5 گزینه ای لایکرت امتیاز دهی شدند. پس از محاسبه میانگین امتیاز ها، مهم ترین چالش ها شناسایی گردیدند. یافته ها: مهمترین چالش های استقرار حاکمیت بالینی در ابعاد مدیریت خطر، ممیزی بالینی، آموزش پرسنل، استفاده از اطلاعات، تعامل با بیمار، اثربخشی بالینی به ترتیب شامل کمبود اعتبارات (4.41)، کمبود اعتبارات برای آموزش ممیزی بالینی (4)، کمبود اعتبار برای آموزش پرسنل(4.41)، ناکافی بودن نیروی آموزش دیده (2.75)، نبود انگیزه مالی (4.16) و مستند سازی ناقص (4.23) می باشند. بحث و نتیجه گیری : بر اساس یافته های پژوهش، استقرار طرح حاکمیت بالینی در بیمارستان های آموزشی مستلزم افزایش اعتبارات، آموزش نیروی متخصص، برگزاری دوره های آموزشی مرتبط و بهبود زیر ساخت های مستند سازی می باشد.